這是北台灣第一間西醫院，為 1879 年馬偕獲一位同姓馬偕婦人為紀念亡夫之二千五百元捐款而改建的，名「滬尾偕醫館」，之前馬偕也曾在此租屋為診所，名「滬尾醫館」，加拿大曾派華雅各 Dr. J. B. Fraser 醫師到此任院長達二年。此後，偕醫館醫務蒸蒸日上，到1894年每年受診者已逾萬人次。另外，偕醫館不僅有病例管理，也有病理研究，在世界醫學上也具聲名。1879年偕牧師與林格醫師聯手解剖一葡萄牙水手屍體，發現人體內肺蛭蟲之寄生，此為全球首宗病例。

此醫館建築為馬偕所設計，屋體為閩南式民宅，卻有西洋門窗，極富趣味，樸實的外貌很難讓人聯想到是台灣現代醫學發祥地，其實偕醫館是具水準的醫院，有病例檔案、醫學報告發行，病人掛號時以黑、白木札分初診、複診，候診時還有衛生保健、天足運動等民眾衛生教育。 此醫館不僅因造福民眾而享聲譽，1884年中法戰爭時也因搶救傷兵而獲軍功。

當時英艦軍醫伯朗救癒傷勇百餘人，馬偕學生嚴清華也因動員教徒，拆門扇板為擔架館內醫生鍾森和搶救傷兵有功，而獲五品軍功。1884年中法戰爭波及淡水，偕醫館負起救護之工作，搶救清兵無數，更為這北台灣第一所醫院，增添佳話，留名青史。
馬偕過世後，後人因應時局需要，於1912年移往台北新建的現代化院舍，即今馬偕紀念醫院，此後八十年間建築體也多次修茸，但大致完整保存至今，管理權屬淡水教會。 目前醫館裡還保有洗濯台、壁爐、門鐘，及早年病床等設施，和馬偕的風琴、藥罐、拔牙工具等珍貴文物。