鯨魚洞位在西嶼鄉漁翁島，柱狀節理的玄武岩海崖，受海蝕作用而形成巨大海蝕洞，就像擱淺海灘的鯨魚，在洞中，可以聽海濤怒吼。

鯨魚洞東南方台地上有石英砂形成的「滿地金砂」奇觀，還有在台灣難得一見，由於植被稀疏而導致水土流失的半乾燥地形，形成有趣的景象。小門嶼地扼白少與西嶼間的吼門水道，有吼門之珠稱號，俗稱跨海小橋的小門橋與西嶼相接，為典型的玄武岩方山型小島，若再加以匯聚澎湖諸多人文特色，則可說是澎湖群島的縮小版。

關於鯨魚洞的由來眾說紛紜，比較普遍的說法是有條小鯨魚擱淺在小門岸邊，母鯨極力搶救卻無力回天，母鯨因悲傷過度而撞山壁自盡，於是撞擊出了這樣一個類似鯨魚身體形貌的鯨魚洞。但是實際上，所謂的鯨魚洞在地質學上來說是海蝕作用所鑿出的一個海蝕門，包括平行侵蝕與垂直侵蝕的結果，鯨魚洞旁邊有一根海蝕柱，原本也是海蝕門，後因上頭的門頂陷落而變成海蝕柱。

關於鯨魚洞的傳說，其實當地人比較接受的說法是百年以前小門住家少（現在還是很少，只有70人不到），經濟生活不富裕，平日鮮少有機會吃到肉，有日一隻鯨魚擱淺在小門岸邊，村民就聯手割魚肉大啖，據說吃了好幾天才吃完，後來這件事情被美化為母鯨殉難的佳話。據說當時鯨魚的骨頭一部份現在就是安在西嶼竹灣大義宮地下珊瑚洞的牆壁上（還看得到），另外一半則是埋藏在村辦公處的地下。

一般遊客走到鯨魚洞就會折返，其實繼續前進就會到了小門潮間帶，有木棧道可以步行下潮間帶，退潮時可以看到當地人在附近撿螺。在潮間帶附近可以看到澎湖人典型的捕魚陷阱－石滬。
最後夏天來到小門，請進入小門地質館吹吹冷氣外加補充飲水吧。